Poste de doctorant en interactions plantes-pathogènes (H/F)

Sujet de thèse :
Les viroïdes infectent les plantes et peuvent provoquer d'importantes maladies dans les cultures. Cependant, ils ne codent aucune protéine. Ainsi, toutes les interactions avec les mécanismes de réplication et de déplacement de la cellule hôte sont médiées par l'ARN. Pour mieux comprendre les interactions viroïde-hôte, la localisation et le trafic intra-/intercellulaire de l'ARN viroïde seront détectés et observés in vivo en utilisant les systèmes de marquage de l'ARN in vivo BglG et MS2 développés précédemment par l'équipe hôte. Ces systèmes de marquage de l'ARN consistent à marquer l'ARN viroïde avec des aptamères à boucle de tige qui permettent la détection par la liaison spécifique des protéines de liaison d'aptamères à l'ARN BglG / MS2-CP fusionnées à la GFP, qui sont co-exprimées. L'ARN viroïde sans aptamères à boucle souche sera utilisé comme contrôle négatif. En outre, vous appliquerez également un système rapporteur ARN indépendant des protéines (3WJ-4 × Bro). Comme les modifications de l'ARN viroïde peuvent interférer avec l'infectivité du viroïde, l'ARN viroïde modifié sera également exprimé par agroinfiltration, comme cela a été fait précédemment pour étudier l'ARN du virus de la mosaïque du tabac.
La détection spécifique de l'ARN viroïde sera confirmée par la colocalisation avec une protéine de liaison au viroïde telle que VIRP1 fusionnée à RFP. La localisation et le trafic des complexes ARN viroïde-VIRP1 ribonucléoprotéines (RNP) seront déterminés par imagerie des complexes avec les marqueurs cellulaires des membranes, du cytosquelette, du noyau et des plasmodesmes. En outre, pour identifier d'autres facteurs de l'hôte associés in vivo à l'ARN viroïde, l'ARN viroïde marqué MS2 / BglG sera isolé avec les protéines associées par chromatographie d'affinité à l'aide de billes d'affinité GFP. Les protéines associées seront identifiées à l'aide de la spectrométrie de masse et étudiées plus en détail pour la colocalisation in vivo avec VIRP1 et l'ARN viroïde marqué, ainsi que pour la signification fonctionnelle dans l'infection viroïde par la génétique inverse.
Ce projet offre des connaissances et une expérience en matière d'interactions plantes-pathogènes, de biologie cellulaire, de biologie moléculaire, de génétique et de biophysique. Le candidat (H/F) apprendra des techniques avancées, notamment le clonage de l'ADN, la caractérisation biochimique des complexes protéine-ARN et leur analyse par spectroscopie de masse, l'imagerie et la microscopie par fluorescence in vivo, la génétique d'Arabidopsis et la virologie végétale. Le candidat (H/F) sera également formé à la rédaction et à la communication, ainsi qu'à la présentation des résultats à différents publics.
Contexte :
Le poste est situé à l'IBMP à Strasbourg (France) et est disponible pour 36 mois, à partir de juin-juillet 2025. L'Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP ; http://www.ibmp.cnrs.fr) est le
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