Postdoc (H/F) - Effet de la génétique du microbiote sur les interactions pathogène-pathogène

Missions :
Les maladies infectieuses sont souvent le principal agent sélectif dans la nature, et nous ne pouvons pas comprendre comment les populations naturelles évoluent sans comprendre leurs agents pathogènes. Au-delà de l'immunité de l'hôte et des conditions abiotiques, un facteur important déterminant la capacité des agents pathogènes à envahir et à proliférer chez un hôte est le microbiote résident. Cependant, nous commençons seulement à en entrevoir ses multiples impacts. Nous en savons encore moins sur les interactions entre les agents pathogènes eux-mêmes. Tout effort pour expliquer comment les communautés d’agents pathogènes, ou pathobiote, se développent au sein d'un hôte nécessite de comprendre comme les agents pathogènes interagissent entre eux et comment ces interactions pathogène-pathogène sont modulées par le microbiote de l’hôte, la génétique de l’hôte et l’environnement abiotique. Dans le projet PATHOCOM (https://figshare.com/articles/preprint/PATHOCOM_proposal/13174337), nous visons à mettre en place un programme qui intègre des observations de terrain à large échelle du microbiote/pathobiote chez la plante Arabidopsis thaliana, avec des tests expérimentaux à ultra haut débit d’interactions dépendantes de l'hôte entre les agents pathogènes, permettant par la suite de prédire des communautés persistantes d’agents pathogènes par modélisation. Dans ce contexte, le projet postdoctoral s’inscrit dans la troisième étape du projet PATHOCOM, qui vise, entre autres, à tester l’effet de la génétique du microbiote sur les interactions entre 18 souches bactériennes pathogènes (9 souches de la bactérie pathogène Pseudomonas syringae et 9 souches de la bactérie pathogène Xanthomonas campestris). Pour atteindre ces objectifs, la personne recrutée devra (i) mettre en place des expériences de GWA mapping de grande ampleur en conditions in vitro, et (ii) valider fonctionnellement plusieurs QTLs en utilisant des outils d’édition des génomes de bactéries de dernière génération. La personne recrutée travaillera avec un panel de 200 espèces bactériennes commensales et 74 souches de la bactérie commensale Pseudomonas siliginis, toutes séquencées avec des technologies de séquençage long read et toutes isolées à partir de populations naturelles d’A. thaliana. La personne recrutée bénéficiera d’outils permettant d’effectuer du phénotypage haut-débit (e.g. robots pipeteurs, souches bactériennes et lignées végétales barcodées, imagerie haut-débit de la croissance végétative…). Ce projet postdoctoral de 24 mois (+12 mois renouvelables) est financé par l'ERC (European Research Council) et sera réalisé dans le cadre d'un projet interdisciplinaire et collaboratif avec les groupes de recherche de Detlef Weigel (Max Planck Institute, Tübingen, Allemagne) et Joy Bergelson (Université de New-York, États-Unis).
Activités :
Le/la postdoc sera en charge de mettre en place des expériences de GWA mapping en conditio
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