Postdoc bioinformatique: nouvelles méthodes d'analyse d'ARN à grande échelle pour le cancer (H/F)
Référence : UMR9198-DANGAU-005
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 91198 GIF SUR YVETTE (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) entre 3081 et 3519€ bruts mensuels selon expérience € brut/an
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
Mettre en place et exploiter des outils permettant d'identifier, dans de grands jeux de données tumorales et de lignées cellulaires, des séquences d’ARN répondant à des critères d'expression spécifiques. Contribuer à la constitution de grands index de données RNA-seq cancer/normal qui seront utilisés par la communauté scientifique.
Activités :
Le chercheur postdoctoral mettra en place des protocoles de criblage de données RNA-seq pour identifier des signatures ARN induites par les mutations oncogéniques. Ces signatures seront ensuite utilisées pour identifier des échantillons porteurs de la même pathologie.
Les protocoles d'analyse RNA-seq utiliseront des méthodes par k-mer, sans référence.
Contexte de travail :
L'I2BC est un grand institut de biologie moléculaire et cellulaire situé à 25km de Paris (Gif sur Yvette), comprenant plusieurs équipes de biologie computationnelle, une plateforme bioinformatique et un centre de calcul performant. Notre équipe (Séquence, Structure et Fonction des ARN) est composée d'une dizaine de chercheurs, ingénieurs et doctorants, intéressés par les ARN non-codants ou mal codants, particulièrement dans le cancer. Le coeur de notre métier est le data mining dans les grandes bases de données RNA-seq. Nous collaborons avec des informaticiens spécialistes des structures de données et avec des biologistes moléculaires et des médecins oncologues. Avec ces partenaires, nous avons obtenu plusieurs financements pour utiliser des méthodes à base de k-mer afin de réaliser de vastes index de données RNA-seq de tissus cancéreux et normaux, et d'exploiter ces outils pour identifier des ARN spécifiques des tumeurs et des ARN de valeur pronostique ou diagnostique. Les postdoctorants recrutés travailleront pour ce projet.
Profil recherché
Competences :
Nous accueillons des candidats avec deux types de profil :
- soit un profil plutot méthodologique, avec une compétence forte en développement informatique (C++, Rust) pour participer à l'amélioration des outils en partenariat avec les collaborateurs informaciens.
- soit un profil plutot bioinformaticien/biologiste, avec une compétence forte dans la transcriptomique/génomique des cancers et l'envie de répondre à des questions de biologie des cancer en profitant de la puissance statistique permise par les grandes bases de données.
Dans tous les cas, un ensemble de compétence de base est attendu:
- Maîtrise des concepts de base de bioinformatique/analyse de séquence, analyse de données RNA-seq
- Connaissance des langages Python, Shell et R
- Bonnes pratiques en bioinformatique
- Savoir travailler sur cluster de calcul
Contraintes et risques :
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
- Spécialisation Formations générales
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Modification Nombre de Postes : 1 (au lieu de 2)
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Chercheuse / Chercheur
