Post-doctorant en bio-informatique (H/F)

Référence : UMR9002-HERSEI-004

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 34396 MONTPELLIER (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) À partir de 3021,50 € brut mensuel, ajustable selon expérience € brut/an
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
Il s'agira de mesurer l'empreinte évolutive de la régulation des gènes par les microARN, et de généraliser les analyses aux facteurs de transcription et protéines de fixation à l'ARN. Le sujet est à l'interface entre phylogénomique et génétique moléculaire.
Contexte : les microARN ("miARN") répriment des gènes-cibles spécifiques, reconnus par complémentarité de séquence entre les miARN et l'ARNm-cible. On a toujours considéré que les sites phylogénétiquement conservés étaient fonctionnels. Nous allons ici explorer les situations dans lesquelles un miARN a été perdu ou acquis dans un clade animal donné, et évaluer quels sites sont seulement conservés dans les clades possédant le miARN. L'abondance des génomes animaux séquencés permet une mesure précise de la pression de sélection pour des milliers de sites de complémentarité pour des dizaines de miARN ayant été sélectivement acquis ou perdus dans certains clades. Il est à prévoir que les résultats de ces travaux révisent profondément notre connaissance de la régulation des gènes par les miARN. Et puisque les mêmes concepts s'appliquent également à d'autres régulateurs (facteurs de transcription, protéines de fixation à l'ARN), nous explorerons aussi la généralisation de nos conclusions à ces autres régulateurs.
Le contrat a une durée de 12 mois, renouvelable pour 12 mois supplémentaires.
Activités :
- Extraction des séquences des 3´ UTR de gènes-cibles candidats dans une variété d'espèce, et alignement.
- Mesure de la pression de sélection sur chaque site de complémentarité dans les différents clades d'intérêt, à partir de l'alignement des 3´ UTR.
- Comparaison des pressions de sélection sur les sites de complémentarité aux miARN, entre des clades d'âges évolutifs identiques ou différents.
- Généralisation aux sites de fixation de facteurs de transcription, et de protéines de fixation à l'ARN.
Contexte de travail :
Le laboratoire d'accueil est l'Institut de génétique humaine (https://www.igh.cnrs.fr/ ), à Montpellier, et l'équipe d'accueil est l'équipe "Impact systémique des petits ARN régulateurs" (PI : Hervé Seitz). L'institut est constitué d'environ 200 personnes, avec une grosse composante internationale ; l'équipe est constituée actuellement de 6 personnes (site web de l'équipe : https://www.igh.cnrs.fr/fr/recherche/departements/genetique-et-developpement/impact-systemique-des-petits-arn-regulateurs ).
Notre équipe s'intéresse au contrôle de caractéristiques phénotypiques par les miARN. Les méthodes actuelles, expérimentales et informatiques, identifient des centaines de cibles pour chaque miARN, mais les observations in vivo suggèrent que seules quelques-unes de ces interactions sont biologiquement importantes - les autres sont rendues sans conséquence par l'atténuation homéostatique. Même la génomique comparative échoue à distinguer les cibles conséquentielles des cibles inconséquentielles, parce que de nombreux sites de com
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...

Profil recherché

Competences :
La personne retenu devra avoir une thèse en bio-informatique avec un intérêt clair pour la phylogénomique, ou : une thèse en phylogénomique avec un intérêt clair pour la bio-informatique. Notre laboratoire propose d'excellentes opportunités d'apprentissage, à la fois en bio-informatique et dans l'interaction avec la biologie expérimentale. Chaque ancien membre de l'équipe qui a passé plus d'un an dans l'équipe a publié son travail avec nous, et nous sommes très attentifs à la formation et au succès professionnel de chacun.
Compétences techniques attendues :
- Programmation en bash, Perl et R.
- Connaissances de base en génétique moléculaire.
- Connaissances de base en phylogénétique.
Contraintes et risques :
Pas de contrainte ou risque particulier.

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
  • Spécialisation Formations générales

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Notre laboratoire accorde une grande importance à la coopérativité et à la transparence. Nous sommes très attachés au partage de nos scripts, et données brutes, intermédiaires et processées, de manière à ce que nos résultats publiés soient intégralement reproductibles, à l'octet près.
    Nos scripts et fichiers de données sont publiquement distribués sur notre dépôt GitHub (https://github.com/HKeyHKey ) et sur le site web de notre équipe (https://www.igh.cnrs.fr/en/research/departments/genetics-development/systemic-impact-of-small-regulatory-rnas ). À la soumission à un journal scientifique, tous nos manuscrits sont également déposés sur le serveur public bioRxiv pour un accès ouvert immédiat, et la version finale acceptée est également déposée sur HAL.

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Chercheuse / Chercheur

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