Offre de thèse : Développement de biomarqueurs fluorescents chez Listeria monocytogenes pour mieux p H/F
Référence : 2024-1598172
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
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Employeur :
INRAE Centre Pays de la Loire
INRAE - Localisation : NANTES
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 3 ans
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) 2100€/mois € brut/an
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Description du sujet
L’offre de thèse s’inscrit dans le cadre du projet FluoPath financé par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) sur la période avril 2024-mars 2028. Ce projet réunit 7 partenaires dont 4 laboratoires de recherche académique (UMR PAM, UMR SECALIM, UMR SQPOV et LUBEM), 2 Instituts Techniques Agro-Industriels (AERIAL et ADRIA) et l’interprofession laitière (CNIEL).
Le projet FluoPath a pour vocation première de déterminer de nouveaux biomarqueurs (promoteurs induisant l'expression de gènes d'intérêt) couplés à un biosenseur fluorescent permettant d'acquérir de nouvelles connaissances sur l'état physiologique de deux pathogènes (Listeria monocytogenes et Bacillus cereus) en milieux laitiers (lait, fromage modèle dilué et si possible fromage modèle solide) en lien avec l'impact de perturbations technologiques. In fine, ces connaissances combinées aux connaissances présentes dans la littérature scientifique seront utilisées pour améliorer les modèles de prévision du risque microbiologique dans les produits laitiers.
La thèse portera sur le pathogène L. monocytogenes et sera réalisée au sein des laboratoires académiques UMR PAM (Dijon) et UMR SECALIM (Nantes) selon un calendrier qui n’engagera pas l’étudiant·e à se déplacer régulièrement entre les 2 villes du fait de leur éloignement géographique (les frais de déplacements seront à la charge des laboratoires d’accueil). La thèse, d’une durée de 3 ans, débutera en octobre 2024 et se terminera en septembre 2
La thèse sera articulée autour de 4 axes
Axe 1 : Sélection de deux souches parmi six de L. monocytogenes et de deux conditions de stress pertinentes
L’objectif principal de cet axe sera d’évaluer la résistance des six souches de L. monocytogenes vis-à-vis de deux conditions de stress rencontrées dans les chaînes d’opérations unitaires de la filière laitière. L’analyse statistique de ces phénotypes d’intérêt permettra de sélectionner parmi
ces six souches, deux souches qui présenteront des niveaux de résistance différents. Ces souches seront utilisées pour l’ensemble de la thèse.
Axe 2 : Identification d’ARNm spécifiques de chaque phénotype d’intérêt
L’objectif de cet axe est d’identifier des gènes de virulence ou de stress sur-exprimés lors de l’application des deux conditions de stress chez les deux souches sélectionnées au titre de l’Axe
1. Le taux d’expression des gènes d’intérêt, identifiés par une étude biobibliographique, sera mesuré par RT-qPCR. De manière à générer de nouvelles connaissances fondamentales, une analyse transcriptomique sans a priori sera conduite par RNAseq associée à une analyse bioinformatique (ontologie, identification des séquences promotrices spécifiquement impliquées dans chacun des phénotypes …).
Profil recherché
Prérequis : Le/la candidat(e) motivé(e) aura un Master 2 Recherche ou équivalent en microbiologie des aliments et devra s’inscrire à école doctorale n° 554 « Environnements-Santé » (Bourgogne Franche-Comté).
Connaissances et compétences souhaitées : adaptabilité rapide et autonomie, savoir travailler en groupe, sens de l’écoute et du partage des tâches, analyses usuelles de microbiologie, biologie moléculaire, génomique environnementale, microbiologie des aliments, notions de bioinformatique, maitrise de l’anglais, capacités rédactionnelles et organisationnelles. Le/la candidat·e sera devra travailler en laboratoire de niveau de sécurité biologique de classe 2.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
Éléments de candidature
Documents à transmettre
Personnes à contacter
- stephane.guyot@agrosupdijon.fr
- Sandrine.Guillou@inrae.fr
Qui sommes-nous ?
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Descriptif du service
Présentation des établissements et des laboratoires d'accueil
UMR Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM)
La thèse proposée se déroulera alternativement au sein de l’équipe Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB) de l’UMR PAM et l’UMR SecAlim. L'UMR PAM est sous la tutelle de l'Institut Agro Dijon et de l'Université de Bourgogne. L’équipe PMB focalise sa recherche sur la compréhension des mécanismes de réponses cellulaires à différents types de perturbations environnementales et technologiques. Les connaissances tirées de cette recherche confèrent à l’équipe PMB une forte expertise dans la décontamination de matrices alimentaires et de surfaces technologiques ainsi que dans les domaines de la microscopie et spectroscopie à fluorescence via la plateforme DimaCell.
Site web : http://www.umr-pam.fr
UMR SecAlim
L’UMR SecAlim est sous la tutelle d’Oniris VetAgroBIo et d’INRAE. Les missions de l’unité sont de produire et diffuser des connaissances et des méthodes scientifiques dans le domaine de la sécurité microbiologique des aliments pour répondre aux enjeux industriels et aux demandes sociétales de santé publique et de maîtrise des pertes alimentaires.
Ses actions de recherche visent à caractériser et maîtriser le risque microbien (sanitaire et d’altération) dans les produits alimentaires. Des méthodes moléculaires, de microbiologie classique et prévisionnelle sont utilisées pour comprendre, quantifier et modéliser le comportement des microorganismes
À propos de l'offre
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Eléments à fournir pour la candidature
Il sera indispensable de fournir pour tout dépôt de candidature :
- un CV complet et détaillé, en particulier sur le niveau d’expérience des prérequis demandés
- lettre de motivation
- recommandations ou coordonnées de personne(s) à contacter pour recommandation
- certificat de réussite de Master ou résultats du Master en cours (si Master effectué pour l’année universitaire 2023-2024) -
Suite :
Axe 3 : Élaboration d’une banque de mutants fluorescents par fusion transcriptionnelle (chromosomique)
Les gènes d’intérêt identifiés au titre de l’Axe 2 seront ’autant de candidats considérés pour construire une banque de mutants à partir des deux souches précédemment retenues (Axe 1). Ces mutants fluorescents du fait de l’insertion du gène codant pour une protéine fluorescente
(GFP, RFP, CFP ou YFP), auront vocation à être utilisés en vue de générer de nouvelles connaissances en lien avec l’impact de conditions de stress sur la résistance et la virulence de L. monocytogenes.Axe 4 : Quantification de la fluorescence des mutants dans différentes conditions de stress
Dans cet axe, il s’agira d’évaluer la fluorescence émise par les mutants placés dans les conditions de stress préalablement établies. Il s’agira en particulier d’optimiser les conditions expérimentales pour s’affranchir d’éventuels artefacts tels que l’autofluorescence de la matrice laitière. -
Vacant à partir du 01/09/2024
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Chercheuse / Chercheur
