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Ingénieur (H/F) en bioinformatique pour la production de jeux de données de génomique des populations c

Référence : UMR6553-SYLGLE-010

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 35042 RENNES (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) Entre 2466 et 2632 bruts mensuels selon expérience € brut/an
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
La personne recrutée produira et structurera des jeux de données de polymorphisme génomique chez les plantes à partir de données publiques pour préparer des analyses de génomique des populations comparative.
Activités :
1) Identification des jeux de données initiaux disponibles dans les bases de données publiques.
2) Application du pipeline de production des données polymorphisme (vcf + méta-données) déjà développé dans l’équipe basé sur le pipeline snpArcher (Mirchandani et al. 2024, https://doi.org/10.1093/molbev/msad270).
3) Contrôle qualité, documentation et organisation des jeux de données produits.
4) Test et automatisation des pipelines aval d’analyse de génomique des populations (utilisation de Snakemake et d’outils associés au traitement et à l’analyse des données de polymorphisme).
5) Evaluation de la possibilité d’utilisation des données du projet Darwin Tree of Life (https://www.darwintreeoflife.org/data/).
Contexte de travail :
Le poste s'inscrit dans les projets FloweRS (Déterminants reproductifs du succès évolutif et écologique chez les plantes à fleurs, ANR) et Tackling the Lewonting Paradox in Plants (Agence de la recherche suédoise). La personne sera basée à ECOBIO au sein du thème EVO-ADAPT et travaillera étroitement avec Sylvain Glémin (Chercheur) et Maxence Brault (Doctorant). En dehors du laboratoire, elle interagira en particulier avec Alexander McKintosh et Martin Lascoux (Université d'Uppsala) partenaires du projet. Elle utilisera l'infrastructure de calcul genouest (https://www.genouest.org).

Profil recherché

Competences :
- Diplôme de Master ou Ingénieur : bonnes compétences en bioinformatique, incluant l'utilisation de serveur de calcul, des outils snakemake et conda, des connaissances dans différents langages de programmation (au minimum bash et python), des connaissances sur la structure et l'utilisation des bases de données de séquences telle que NCBI.
- Des connaissances en génomique des populations et une expérience avec l'analyse de données de polymorphisme seront appréciées.
- Rigueur dans l'organisation du travail et capacité à organiser et documenter les procédures utilisées et les résultats produits.
- Bonne connaissance de l'anglais écrit (recherche bibliographique pour l'identification de jeux de données, rédaction de notices), niveau B2 (cadre commun européen de référence en langues)
- Savoir travailler en équipe
Contraintes et risques :
Contraintes et risques liés au travail sur ordinateur.

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en biologie - SVT

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