Ingénieur en biotechnologie (H/F)

Missions :
La mission du CDD de projet est de développer un procédé de stockage d’information sur ADN basé sur l’assemblage semi-aléatoire de molécules d’ADN double brin à partir d’un pool d’oligonucléotides avec lecture par séquençage nanopore et de déposer un brevet associé. Ce développement inclut les aspects biotechnologiques de la chaîne de stockage, à savoir : la synthèse, l’assemblage, la sélection et le séquençage des molécules d’ADN. La mission inclut également l’automatisation du procédé sur la plateforme robotisée DNAmaker développée par l’équipe GenScale. La personne recrutée devra pouvoir justifier les diverses solutions biotechnologiques qu’elle mettra en place. Les aspects codage et décodage, qui requièrent des compétences en informatiques, seront étudiés avec les chercheurs de l’équipe GenScale. Finalement, le procédé complet (lecture et écriture de l’information) sera validé en conditions réelles à l’échelle du laboratoire.
Activités :
La mission se déroulera sur 2 années à travers la réalisation de 2 « workpackages » détaillés ci-dessous. Les tâches de chaque « workpackage » seront menées simultanément pour atteindre les sous-livrables intermédiaires. L’état d’avancement des sous-livrables sera réalisé à la fin de chaque « workpackage » (prévus à t0+12 et t0+24) par Dominique LAVENIER, DR CNRS au laboratoire IRISA. Le résultat objectif du projet, qui déterminera la fin du contrat, sera (1) la validation expérimentale du procédé et (2) la rédaction d’un brevet sur le procédé de stockage d’information sur ADN basé sur l’assemblage semi-aléatoire d’un « pool » d’oligonucléotides avec lecture par séquençage nanopore. L’évènement de fin de projet sera le dépôt d’un brevet.

WORKPACKAGE 1 : t0  t0 + 12 mois
Tâches :
• Séquençage direct des « pools » d'oligonucléotides
o Revue des protocoles existants et développement d'une méthode de séquençage direct (Oxford Nanopore Technologies) pour des « pools » d'oligonucléotides.
• Assemblage semi-aléatoire de « pool » d’oligonucléotides
o Développement d’une méthode PCR pour convertir un « pool » d’oligonucléotides simple brin en doubles brins.
o Développement d’une méthode d'assemblage semi-aléatoire (« One-pot Golden-Gate ») à partir des travaux antérieurs de l’équipe GenScale et de la littérature.
• Accès à l’information sur les assemblages semi-aléatoires d’ADN
o Développement d’une méthode d’accès, dite « random access », à l’information souhaitée basée sur les travaux antérieurs de l’équipe GenScale et la littérature.
• Codage et décodage de l’information
o Spécification des contraintes en entrée (« pools » d'oligonucléotides) et en sortie du processus de stockage (assemblages semi-aléatoires) :
 Caractérisation des « pools » d’oligonucléotides issus de la synthèse chimique à partir de la méthode de séquençage directe des ADN simple brin et validation des spécifications annoncées par le ou les fournisseur(s
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...