Ingénieur en bioinformatique au laboratoire d'Hématologie moléculaire et Biobanque F/H
Référence : APHP_2024-13438
- Fonction publique : Fonction publique Hospitalière
- Employeur : Hôpital Saint-Louis
- Localisation : Paris (75), France
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) Non renseigné
- Catégorie Non renseigné
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions Générales :
Contribuer aux activités de soin et de recherche translationnelle du laboratoire en participant à l’archivage des données brutes générées par les différents secteurs, au développement de pipeline d’analyse et à la structuration des résultats dans des bases de données interopérables pour les biologistes du laboratoire d’hématologie et la recherche.
Missions détaillées :
- Participer à l’archivage des données générées par le laboratoire (par exemple : données de cytométrie en flux, données de séquençage).
- Développer et maintenir des pipelines d’analyse de données générées par le laboratoire (par exemple : données de séquençage capture, données de RNA-seq) et travailler en collaboration avec la plateforme de bio-informatique de l’APHP MOABI.
- Former les ingénieur.es et technicien.nes du laboratoire au lancement de ces analyses.
- Rédiger des protocoles d’utilisation des outils développés et de la gestion documentaire relative à la qualité.
- Participer à la mise en place d’une base de données interopérable des résultats des données de soins générées par le laboratoire pour permettre leur utilisation par les biologistes du laboratoire.
Profil recherché
Profil :
Niveau I (BAC+4/+5)
Avoir des connaissances approfondies, théoriques et pratiques, en analyses courantes bio-informatique en génomique et dans la gestion de bases de données.
Expérience professionnelle souhaitée dans le milieu hospitalier ou la recherche en biologie
Compétences/savoir-faire requis :
- Bonne maitrise des langages de programmation R, Python, Bash
- Utilisation de gestionnaires de workflow (Snakemake, Nextflow)
- Utilisation des systèmes d'exploitation Linux et de la compilation de logiciels
- Expérience dans les principales analyses bio-informatique en santé (variant calling, RNA-seq)
- Expérience dans la gestion de bases de données
Connaissances requises :
- Connaissances générales en médecine et en biologie, en particulier en génomique
- Connaissances générales en statistiques
- Maîtrise de l'anglais écrit
Qualités professionnelles requises :
- Grande rigueur dans le traitement des données
- Capacité d'organisation et d'initiative
- Apprécier le travail en équipe
- Motivation et dynamisme apprendre et développer de nouvelles compétences
À propos de l'offre
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Spécialiste en biologie médicale
