Ingénieur-e en techniques biologiques pour l’étude des processus écologiques marins (H/F) - Villefranch

Missions :
La mission principale de l'ingénieur·e sera de mettre en œuvre et d'adapter des méthodes analytiques diverses en génomique dans le cadre des projets scientifiques du laboratoire. Il.elle sera impliqué dans le traitement des données génétiques et génomiques, voire dans l’analyse statistique des données. Par ailleurs, il·elle supervisera la gestion des consommables et les instruments. Enfin, il·elle sera responsable de la rédaction et de l'actualisation des fiches de préparations et des protocoles techniques et, si besoin, de la formation des utilisateurs du laboratoire de biologie moléculaire.
Activités :
Activités principales :
- Mise en œuvre de différentes techniques et adaptation à l'étude d'échantillons marins : extractions d’ADN et d’ARN adaptées aux différents types d’échantillons biologiques et environnementaux, avec contrôle qualité; amplification de fragments spécifiques par PCR; détection et quantification ciblées de gènes taxinomiques ou fonctionnels d’intérêts (par PCR quantitative et PCR digitale); mise en œuvre de la construction de banques en vue du séquençage de deuxième et troisième génération (métabarcoding, métagénomique, métatranscriptomique);
- Gestion des envois pour sous-traitance du séquençage NGS ou autre
- Utilisation de logiciels spécialisés associés aux machines, mise en forme et prétraitement des données acquises.
- Développement et mise en œuvre des pipelines d’analyses de données.
- Gestion des consommables et suivi des instruments (calibrage, préparation des solutions stock, nettoyage), pour une partie du matériel utilisé.
- Initier les utilisateurs aux techniques du domaine et aux équipements du laboratoire

Autres activités :
- Superviser l'élimination des déchets selon les règles d'hygiène et de sécurité
- Gérer des bases de données ou des banques d'échantillons
Contexte de travail :
Localisation (Direction/service) :
Le Laboratoire d'Océanographie de Villefranche (LOV), UMR 7093, situé à Villefranche-sur-Mer (Alpes-Maritimes) et fondé en 2001, opère sous la double tutelle de Sorbonne Université (SU) et du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) dans le cadre de l'Institut National des Sciences de l'Univers (INSU) et de l'Institut Écologie Environnement (INEE).
Les personnels du LOV se consacrent à la production de connaissances par la recherche fondamentale, à la dissémination de ces connaissances vers le grand public, à la formation académique, ainsi qu'au suivi des changements du milieu par des actions d'observation. Leurs champs d'étude vont de la biogéochimie des océans à l'écologie des organismes marins.
L'agent sera affecté à l'équipe COMPutational PLankton Ecology (COMPLEx ; https://lov.imev-mer.fr/web/team-complex/) et placé sous la responsabilité d'un chercheur CNRS de l’équipe. Elle/il travaillera en collaboration avec les membres de l’équipe CHimie, Ocean, Climat ; https://lov.imev-mer.fr/web/team-choc/).

L'ingénieur
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