Ingénieur-e en bioinformatique H/F

Vous serez en charge de projets omiques de différentes natures (génomique, transcriptomique, détection et d'annotation de variants (ponctuels ou structurels) et épigénomique). Cette implication s'étendra à toutes les étapes de ces projets, depuis la phase initiale de montage, où vous conseillerez sur le plan expérimental et les ressources nécessaires, notamment en termes de stockage et de sauvegardes, jusqu'à l'interprétation des résultats et leur exploitation. Plus spécifiquement, vous serez responsable de l'identification, de la sélection et de l'annotation de polymorphismes, obtenus à partir de populations naturelles et sélectionnées d'espèces forestières d'intérêt pour l'unité, en particulier le peuplier. En collaboration avec les chercheurs de l'unité, vous analyserez la variabilité allélique en utilisant des données de différentes natures omiques dérivées des nouvelles technologies de séquençage à haut débit. A l'écoute des dernières avancées technologiques, vous prendrez des décisions techniques, notamment en ce qui concerne la conception, le développement et la mise à jour de pipelines bio-informatiques pour l'analyse, la validation des données et leur préparation en vue de leur incorporation dans les bases de données de l'institut ou dans des centres de données publics internationaux. Vous participerez avec les chercheurs ou collaborateurs de l'unité à l'élaboration de datapapers, de publications scientifiques ou de projets collaboratifs.
De plus, vous conseillerez et fournirez une assistance technique aux chercheurs de l'unité afin de répondre au besoin croissant en traitements des données générées par nos outils génomiques. Pour cela, vous développerez et optimiserez différents pipelines pour analyser et annoter les données d'expression ou d'épigénomique à haut débit sur des clusters de calcul (datacenters nationaux). Vous contribuerez également à l'encadrement des étudiants, des doctorants et des post-doctorants, lorsque des analyses bio-informatiques sont nécessaires. Enfin, vous serez le contact privilégié de l'unité dans le domaine de la bio-informatique avec des partenaires externes (bioinformaticien(ne)s d'autres unités INRAE ou collaborateurs de projets) et des plateformes génomiques ou des centres de données. Vous participerez à différents réseaux de compétences-métiers en bio-informatique (CATI - Centre Automatisé de Traitement de l'Information, PEPI - Partage d'Expérience et de Pratiques en Informatique) au sein de INRAE.