Ingénieur-e d'étude en séquençage NGS (H/F)
Référence : UMR5242-BENGIL-004
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 69007 LYON 07 (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) à partir de 2372€ bruts mensuel selon expérience € brut/an
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
Avec une expérience avérée du séquençage haut-débit, cette personne devra adapter et mettre en œuvre les techniques spécialisées de séquençage NGS (en particulier sur plateforme Illumina NextSeq500 et MinION) pour réaliser des projets de la plateforme. L'IE optimisera et utilisera ces techniques aux différentes étapes des projets : de la préparation des échantillons (extraction, purification et qualification des acides nucléiques), à la construction des banques et jusqu’à l'acquisition des données de séquençage à haut débit. En particulier, elle devra maîtriser le bon fonctionnement des différents équipements spécifiques au séquençage NGS (des outils de quantification et qualification des acides nucléiques aux séquenceurs). Elle mettra en œuvre toute mesure nécessaire au bon fonctionnement général de la plateforme en étant amené(e) à assumer des responsabilités d'intérêt collectif (gestion des stocks et des équipements, relation avec le magasin central et les fournisseurs). Elle aura des interactions avec les autres membres de l'équipe, les services communs et des interlocuteurs extérieurs. Elle aura un rôle important pour l'organisation de l'équipe, en tant que soutien technique.
Activités :
- Participer à la réalisation des projets scientifiques et aux développements technologiques de la plateforme ;
- Gérer et conduire de façon autonome des projets de séquençage de routine ;
- Rédiger les compte-rendus des expérimentations réalisées et les fichiers de synthèse des résultats obtenus ;
- Avoir une approche critique pour présenter les résultats afin d'en garantir la qualité ;
- Synthétiser les procédures techniques et les protocoles appliqués ;
- Gérer les moyens techniques et participer à la gestion et l'organisation générale de la plateforme (gestion des stocks, suivi du matériel, maintenance des équipements) ;
- Assister les utilisateurs dans l'utilisation des équipements spécifiques de la plateforme ;
- Suivre les évolutions scientifiques et technologiques dans le domaine des NGS, se former pour les mettre en œuvre ;
- Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des techniques NGS les utilisateurs (personnel IGFL et extérieurs, chercheurs, Post-doc, ITA, stagiaires, académiques et privés) accueillis au sein de la plateforme.
Contexte de travail :
L’Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL UMR5242, http://igfl.ens-lyon.fr) a développé depuis 2012 une plateforme de séquençage d’ADN haut-débit nommée PSI (pour plateforme de séquençage NGS de l’IGFL, http://igfl.ens-lyon.fr/offres-et-technologies/platforms/sequencing-platform). Aujourd’hui, active dans le développement technologique, maîtrisant de nombreuses applications de séquençage (DNA-seq, WGS-seq, ATAC-seq, BS-seq, ChIP-seq, RNA-seq, Dual RNA-seq, sc/snRNA-seq & ATACseq, miRNA-seq, Amplicons-seq, ... ), la plateforme possède un parc machine présentant les technologies clés du marché (ie NGS
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...
Profil recherché
Competences :
- Expérience professionnelle et connaissances solides en NGS (expérience supérieure à 4 ans) ;
- Maîtriser les techniques de base et spécialisées de biologie moléculaire : préparation et contrôle qualité des acides nucléiques (extraction, quantification et qualification), PCR, RT-PCR, construction et qualification des banques NGS, séquençage NGS ;
- Maîtriser le séquençage sur plateformes Illumina (MiSeq, NextSeq500) et Oxford Nanopore Technologies (Mk1c) ;
- Maîtriser les protocoles de séquençage d’analyse sur cellule unique serait un plus ;
- Maîtriser l’utilisation des séquenceurs et les équipements périphériques ;
- Capacité à adapter des protocoles existants dans le cadre d'un projet scientifique ;
- Connaissance des règlementations du domaine en hygiène et sécurité et BPL. Une sensibilité du management de la qualité serait un plus ;
- Bonne connaissance des outils bureautiques et informatiques pour l'enregistrement des données, le pilotage d'appareils et pour la gestion des données acquises ;
- Savoir-faire pour communiquer les résultats sous forme de rapports et/ou de restitution orale ;
- Très bonne aptitude relationnelle permettant de travailler avec un large panel d'interlocuteurs ;
- Anglais scientifique niveau B1 (cadre européen commun de référence pour les langues) ;
- Autonomie dans les projets de routine.
Contraintes et risques :
Risques inhérents au travail en laboratoire de biologie moléculaire
Travail occasionnel en milieu confiné et/ou isolé
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
- Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Experte / Expert en expérimentation, instrumentation et techniques biologiques
