Ingénieur d'études biologiste en traitement des données F/H
Référence : 2025-1831936
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
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Employeur :
Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
Institut de Développement pour la Recherche - Localisation : PERPIGNAN
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD d'1 an
- Expérience souhaitée Confirmé
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) Non renseigné
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non
- Télétravail possible Non
Vos missions en quelques mots
Une mission attractive
Au cours de cette mission vous participerez à l’analyse bioinformatique de la dynamique du génome dans des plantes soumises à des stress environnementaux pour mieux comprendre l’adaptation des plantes au changement climatique.
Sous la responsabilité de Marie Mirouze, directrice de recherche à l’IRD, et en collaboration avec Marie-Christine Carpentier, IE CNRS, vos activités seront les suivantes :
- Vous serez en charge de la caractérisation de l’ADN extrachromosomique (ADNecc) à partir de données de séquençage Nanopore dans des plantes d’Arabidopsis soumises à des stress abiotiques, dans le cadre d’un projet ANR international "CropCircle".
- Vous serez en charge de la caractérisation des variants structuraux (SV) dans ces mêmes plantes à partir de données ProméthION Nanopore.
- Vous participerez à l’assemblage de génomes de riz et de hêtre à partir de données ProméthION Nanopore.
- Vous contribuerez à améliorer des outils et pipelines dédiés à l’analyse et à l’assemblage des ADNecc et des SV.
Votre future équipe
L’EMR MANGO travaille sur plusieurs modèles végétaux (Arabidopsis, hêtre, riz, inule) et se caractérise par le développement de protocoles adaptés à l’utilisation des lectures longues Nanopore pour la génomique et la transcriptomique ainsi que le développement d’outils bioinformatiques dédiés. L’équipe est financée par des projets ANR ainsi que par le Labex TULIP. La recherche de l’équipe s’inscrit dans le Science de la Durabilité avec des projets sur l’impact du changement climatique que ce soit dans des rizières au Mali ou dans les forêts en Méditerranée.
Profil recherché
Le profil que nous recherchons
Vous avez développé les compétences suivantes :
- Maitrise des outils bioinformatiques pour l'analyse des données NGS.
- Expérience d’utilisation de données génomiques en lectures longues (Nanopore par exemple). Une expérience en variations structurales serait un plus.
- Très bonnes capacités rédactionnelles et aisance à l’oral.
- Capacités relationnelles et interculturelles.
- Niveau de maitrise de l'anglais C1-C2.
Vous faites preuves des qualités humaines suivantes :
- Sens du travail en équipe.
- Rigueur.
- Méthode et sens de l’organisation.
- Autonomie et adaptabilité.
- Capacités relationnelles et interculturelles.
- Ouverture d’esprit
Vous êtes titulaire d’un diplôme de niveau 7, Master 2 ou diplôme d’ingénieur en Bio informatique.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
Langues
- Anglais Avancé ou indépendant
Éléments de candidature
Documents à transmettre
Qui sommes-nous ?
L’Institut de recherche pour le développement (IRD) est un organisme de recherche public français pluridisciplinaire qui est fondé sur un modèle original de partenariat scientifique équitable avec les pays du Sud et une science interdisciplinaire et citoyenne, engagée pour la réalisation des Objectifs de Développement Durable.
Une science engagée
L’IRD co-produit une science d’excellence et d’exigence, de standard international, qui nourrit décisions et politiques publiques. Pour cela, l’IRD dispose de plus de 2200 femmes et hommes répartis au sein de 4 délégations régionales, 35 représentations en Outre-mer et à l’international et 79 unités mixtes de recherche. L’Institut est placé sous la double tutelle du ministère chargé de l’Enseignement supérieur et de la Recherche et celui de l’Europe et des Affaires Étrangères.
Notre mission
La mission première de l’IRD est de produire de la science focalisée sur la zone intertropicale et méditerranéenne et fondée sur un partenariat scientifique équitable avec les communautés d’enseignement supérieur et de recherche (ESR) des pays et régions concernés.
L’objectif est le renforcement des capacités propres de l’enseignement supérieur de la recherche (ESR) des pays partenaires. Cela vise à contribuer, d’une part, aux avancées de la science universelle, d’autre part, à la satisfaction des besoins de leurs populations, en particulier les plus vulnérables.
Ensemble, scientifiques et partenaires de l’Institut proposent des solutions concrètes pour répondre aux défis globaux auxquels les sociétés et la planète font face. Cette relation gagnante-gagnante fait de la science et de l’innovation des leviers majeurs du développement.
Descriptif du service
L’équipe mixte de recherche EMR269 « MANGO » s’intéresse aux mécanismes génomiques de l’adaptation chez les plantes, il s’agit d’une équipe mixte entre l’IRD, le CNRS et l’Université de Perpignan. Elle fait partie du Laboratoire « Génome et Développement des Plantes » et est basée sur le campus de l’Université de Perpignan.
À propos de l'offre
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Merci de postuler via ce lien :
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Vacant à partir du 01/05/2025
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Experte / Expert en calcul scientifique
