Ingénieur Bioinformatique H/F
Référence : UAR3631-NAINAO-001
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 75252 PARIS 05 (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) entre 2200€ et 2500€ bruts mensuels selon expérience € brut/an
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
La plateforme de bioinformatique InforBio recherche un.e ingénieur.e pour un CDD de 12 à 18 mois (en fonction de l'expérience). L’ingénieur.e aura à charge le suivi d’un projet sur de petits ARN, en étroite collaboration avec l’équipe Transgenerational Epigenetics & small RNA biology de l’IBPS à Sorbonne Université (https://www.ibps.sorbonne-universite.fr/fr/Recherche/umr-biologie-developpement/epigenetique-transgenerationnelle-biologie-petits-arn) et pourra s’impliquer sur différents projets de la plateforme en fonction de son profil.
Activités :
Les ARN interagissants avec Piwi (Piwi-interacting RNA, piRNA) sont de petits ARN impliqués dans le contrôle des éléments transposables. La plupart de piARNs sont regroupés en clusters sur le génome. Ces clusters sont majoritairement localisés dans des régions riches en répétitions ou encore dans les régions intergéniques. Le projet a pour but d’étudier la formation de ces clusters.
L’ingénieur·e en bioinformatique contribuera activement à :
- L’analyse des données transcriptomiques et génomiques obtenues par séquençage (RNA seq, Oxford Nanopore Technology)
- Le développement et l’optimisation de pipelines bioinformatiques pour l’identification et l’analyse des clusters piRNA.
- L’intégration des données épigénomiques et transcriptomiques pour comprendre les mécanismes d’activation des clusters piRNA.
- La collaboration avec les biologistes pour interpréter les résultats dans un contexte fonctionnel.
Contexte de travail :
Le/La candidat.e intègrera la plateforme de bioinformatique InforBio de l'IBPS localisée sur le campus Pierre et Marie Curie de Sorbonne Université.
Il/Elle bénéficiera d'un double encadrement, combinant l'expertise de la plateforme InforBio et de l'équipe Transgenerational Epigenetics & small RNA biology dirigée par Clément Carré et Laure Teysset (IBPS, Sorbonne Université)
Profil recherché
Competences :
- Maîtrise des outils et langages de programmation couramment utilisés en bioinformatique (Python ou R, Bash).
- Expertise dans le traitement de données NGS, en particulier transcriptomiques (RNA-seq, petits ARN) et épigénomiques (ChIP-Seq).
- Bonnes notions en génétique moléculaire.
- Manipulation de fichiers BAM, outils d’alignement (Bowtie, BWA)
- Connaissance des bases de données génomiques (Ensembl, NCBI, UCSC, etc.), et des outils d’annotation de génomes
- Capacité à collaborer au sein d’équipes multidisciplinaires (biologistes, bioinformaticiens).
- Sens de l’organisation et capacité à gérer des projets avec des délais définis.
- Excellentes compétences en communication scientifique, écrite et orale.
Une expérience avec des outils d’analyse des modifications d’ARN issus de séquençage ONT nanopore serait un plus.
Contraintes et risques :
Travail sur écran
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
- Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Experte / Expert en expérimentation, instrumentation et techniques biologiques
