H/F ingénieur·e de recherche en bioinformatique

Référence : UMR8197-VALHER-172

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 75230 PARIS 05 (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Entre 2900€ et 3600€ € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
Développer de nouveaux pipelines d’analyse de données de transcriptomique longues lectures nanopore et traiter les données de séquençage à haut débit produites par la plateforme GenomiqueENS.
Activités :
En vue de renforcer son activité de recherche et développement en séquençage à haut débit lectures longues et cellule unique, la plateforme GenomiqueENS de l’Institut de Biologie de l’École normale supérieure (IBENS, Paris 5ᵉ) recherche un·e ingénieur·e en bioinformatique pour un contrat de 12 mois pour améliorer la qualité de nos prestations et permettre l’analyse des données d’un plus grand nombre de projets. Dans ce cadre :
• Vous aurez en charge le développement de pipelines pour l’analyse de données de transcriptomique longues lectures nanopore adaptés aux prestations de la plateforme de génomique ;
• Vous mettrez en place des protocoles d’analyse tertiaire (GeneOntology, GSEA…) pour des données RNA-seq bulk et single-cell ;
• Vous participerez à l’analyse des projets (lectures courtes et longues) qui nous sont confiés dans le cadre de notre activité de prestation (RNA-seq et scRNA-seq) de recherche en collaboration avec les chercheurs ;
• Vous évaluerez des outils IA pour l’annotation structurale de génomes mal ou peu annotés ;
• Vous participerez à l’organisation de formations en bioinformatique sur le séquençage de données nanopore et lors de l’école EBAII « Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit » ;
• Vous contribuerez à la veille scientifique dans le domaine des outils d’analyses des résultats de séquençage de lectures longues ;
• Enfin, vous participerez et présenterez les avancements de vos projets lors de réunions mensuelles internes à la plateforme, de séminaires ou de congrès.

Contexte de travail :
L’Institut de biologie de l’ENS (IBENS) est un centre de recherche fondamentale qui mène des recherches originales visant à décrypter les mécanismes fondamentaux au cœur des processus biologiques.
Unité mixte ENS-CNRS-INSERM, l’IBENS accueille plus de 300 personnes regroupées en 30 équipes autonomes conduisant une recherche hautement collaborative et multidisciplinaire qui allie approches expérimentales et théoriques.
L’activité de recherche couvre des champs thématiques variés : Neurosciences, Biologie du développement, Génomique fonctionnelle, Écologie et biologie de l’évolution.
La plateforme GenomiqueENS de l’IBENS (https://genomique.biologie.ens.fr) existe depuis 1999 et a pour but de faciliter l’accès des laboratoires publics à l’utilisation des technologies à haut débit et d’accompagner les utilisateurs dans l’analyse des données en génomique fonctionnelle.
L’équipe est composée de 6 personnes réparties entre biologistes et bioinformaticiens. La plateforme certifiée ISO 9001, labellisée IBiSA et membre du consortium France Génomique, propose des services collaboratifs et développe également des projets de R&D. Elle d
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...

Profil recherché

Competences :
Bioinformaticien·ne titulaire d’un doctorat, vous maîtrisez les langages/outils :
• Python ou Java et des notions de programmation objet ;
• R (Bioconductor) et l’utilisation des outils statistiques ;
• Outils d’analyse de données de RNA-seq sur cellule unique (SEURAT, Scanpy…) ;
• Un ou plusieurs gestionnaires de workflows (Nextflow, Snakemake, Eoulsan…) ;
• L’utilisation de Git et GitHub pour le suivit des versions du code source.
La maîtrise du shell (Bash) et de l’environnement de travail Linux est requise pour ce poste. Une expérience de l’utilisation des outils de conteneurisation (Docker, Singularity, Podman, Conda…) et des outils de soumissions de taches sur les clusters de calcul (SLURM, HT-Condor…) serait un plus.

Une bonne compréhension des problématiques biologiques est essentielle, car l’analyse des données sera effectuée en étroite interaction avec les biologistes.
La connaissance de l’anglais (lu, écrit, parlé) est nécessaire. Par ailleurs, vous devrez faire preuve de rigueur, de dynamisme et d’esprit d’équipe pour intégrer dans les meilleures conditions notre plateforme.

Contraintes et risques :
Travail sur écran et en présentiel sur site à l’IBENS.

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en expérimentation, instrumentation et techniques biologiques

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