H/F doctorat : L’influence des micro-organismes associés aux moustiques sur la capacité vectorielle

Sujet de thèse :
Ce projet est financé par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR). L'objectif de l'étude est de démêler les interactions complexes entre les moustiques et leur microbiote, ainsi que leur influence sur la capacité vectorielle des moustiques à transmettre le virus Chikungunya. Pour ce faire, la personne recrutée manipulera le microbiote de différentes lignées de moustique tigre asiatique (Aedes albopictus) afin d’évaluer si les interactions génotype x microbiote modulent les traits d’histoire de vie et le comportement des moustiques, ainsi que leur capacité à transmettre le virus Chikungunya.
Le projet sera mené en collaboration avec un chercheur postdoctoral, un technicien, ainsi que des collaborateurs du Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive.
Tâches principales :
- Mener des recherches de haut niveau
- Contribuer aux campagnes d’échantillonnage sur le terrain
- Participer aux analyses de séquençage à haut débit (NGS) et à la bioinformatique (principalement du métabarcoding)
- Réaliser des travaux de biologie moléculaire (extractions, PCR, qPCR…)
- Travailler en culture cellulaire et en microbiologie
- Mener des expériences en entomologie (gnotobiologie, mesures de traits d’histoire de vie, expérimentations comportementales)
- Participer aux travaux de virologie (compétence vectorielle)
- Analyser les données (statistiques, analyses multivariées)
- Rédiger des publications scientifiques
- Communiquer sur vos travaux

Tâches secondaires :
- Échanger avec des collaborateurs de formations et nationalités diverses
- Contribuer à la vie du laboratoire et à la gestion de l’insectarium
- Suivre 40 heures de formation proposées par l’école doctorale (sur 3 ans)
- Possibilité d’enseigner à l’université (avec une extension de contrat à la clé).

Vous êtes titulaire d’un Master en Biologie, avec une spécialisation en Microbiologie, Écologie, Infectiologie et/ou Entomologie.
Vous n’avez aucune contrainte concernant le travail en laboratoire de confinement de niveau 3.
Vous êtes très motivé·e à poursuivre une carrière dans la recherche académique.
Vous avez l’esprit d’équipe et un fort sens de la collaboration.
Vous êtes organisé·e et orienté·e vers les résultats.
Vous avez une approche proactive de la résolution de problèmes.
Vous disposez de bonnes compétences en communication et en rédaction.
Vous avez une bonne maîtrise de l’anglais, à l’oral comme à l’écrit.



Contexte :
L’Unité d’Écologie Microbienne est un laboratoire de recherche affilié à l’Université Claude Bernard Lyon 1, au CNRS, à l’INRAE et à l’école vétérinaire VetAgro Sup. Elle mène des recherches à l’interface entre la microbiologie, l’écologie et l’environnement.
L’unité est composée de 69 personnels permanents (chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs de recherche, ingénieurs d’étude, assistants ingénieurs et techniciens) et de 40 à 50 personnels non permanents (chercheurs postdoctoraux, doctorants, con
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