Doctorant en génomique évolutive H/F
Référence : UMR9191-CLEGIL-004
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 91198 GIF SUR YVETTE (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 3 ans
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels La rémunération est d'un minimum de 2200,00 € mensuel € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Sujet de thèse :
Ce projet vise à évaluer la contribution des virus comme vecteurs de transfert horizontal de matériel génétique entre insectes (TH). Ce type de transfert est défini comme le passage d’ADN entre organismes par des moyens autres que la reproduction. Nous nous focaliserons sur les TH d’éléments transposables (THE), le type de transfert le plus fréquent chez les eucaryotes, et concentrerons nos efforts sur les insectes, un groupe d'animaux chez lequel les THE sont très répandus. Le premier axe du projet consistera à mesurer expérimentalement la fréquence des THE virus-vers-hôte chez des papillons et des espèces de drosophiles infectées par un ou deux ou trois virus (un baculovirus, un iridovirus et un virus domestiqué de guêpe parasitoïde). Dans le 2ème axe, nous effectuerons des criblages bioinformatiques à grande échelle de THE entre insectes et testerons si le nombre de THE entre espèces s'explique par la présence de virus. Cela sera fait sur un sous-ensemble d'échantillons de terrain disponibles dans la base de données SymbioCode hébergée par le laboratoire LBBE (université Lyon 1), dans laquelle la flore virale sera caractérisée à l'aide de PoolSeq de plusieurs individus pour chaque espèce d'insecte. Dans son ensemble, ce projet combinant des approches expérimentales et de génomique comparative apportera un nouvel éclairage sur les aspects mécanistiques des THE. Il permettra également d’évaluer si les virus ont contribué à façonner la distribution des THE chez les insectes.
Activité:
-manipulation d'insectes et infections d'insectes par plusieurs virus, purification de virus et extraction d'ADN
-caractérisation de transferts horizontaux d'éléments transposables d'insectes hôtes à virus (séquençage haut débit en lecture courtes et analyses bioinformatiques)
-recherche d'intégrations d'éléments transposables intégrés dans les génomes somatiques et germinaux d'insectes infectés par un virus porteurs d'éléments transposables provenant d'un autre insecte (PCR, vectorette PCR, séquençage Sanger, séquençage haut débit en lectures courtes et/ou longues)
-séquençage et assemblage de génomes d'insectes
-annotation d'éléments transposables et de virus dans les génomes assemblés (analyses bioinformatiques)
-inférences et comptage d'évènements de transferts horizontaux entre insectes et test statistique d'un lien possible entre les taux de transferts horizontaux et le partage de virus
Compétences attendues:
-diplôme de master 2 en biologie de l'évolution et/ou bioinformatique et/ou virologie
-fort attrait pour la génomique évolutive
-bonne maitrise de l'anglais à l'oral et à l'écrit
-compétences en programmation et en statistiques souhaitables (formation pendant la thèse possible)
Contexte :
Il s'agit d'un contrat de doctorat de 3 ans qui s’inscrit dans le cadre plus large d’un projet ANR financé (VIRHOZFER, 2024 – 2029), impliquant plusieurs membres des laboratoires EGCE et LBBE (Uni
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...
Profil recherché
Contraintes et risques :
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
- Spécialisation Formations générales
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Chercheuse / Chercheur
