Développeur.se bioinformatique de workflows de traitement de données pour la métabolomique H/F
Référence : 2024-1739463
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
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Employeur :
INRAE Centre Clermont - Auvergne-Rhône-Alpes
L'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes. - Localisation : Saint-Genès-Champanelle 63122
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
- Expérience souhaitée Débutant
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) A partir de 26 937.48 brut/an € brut/an
- Catégorie Catégorie A+ (Encadrement supérieur - Autres emplois fonctionnels)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Sous la responsabilité du responsable bioinformatique, vous intégrerez une équipe de bioinformaticien.nes et informaticien.nes chargée de développer de nouveaux systèmes d'informations scientifiques nécessaires au management d'études "omiques" en Santé et Nutrition de précision. Dans le cadre de nouveaux projets scientifiques (INBS MetaboHUB 3.0, PEPR B-BEST Galaxy BioProd, Projet EU ELIXIR RCI-M…), vous apporterez votre expérience en développement informatique et des méthodes de DevOps pour mettre en place des workflows d’analyses de données performants et adaptés aux données de métabolomiques produites sur notre plateforme et par la communauté internationale.
Vous serez plus particulièrement en charge de :
- Concevoir des cas d'utilisation (entrées/sorties/paramètres)
- Construire des microservices REST API (Python et Java) de contextualisation de données métabolomiques (FORVM, ...)
- Rapports, documentations et examen de codes + publication du code sur des dépôts basés sur Git
- Construire les pipelines de CI/CD nécessaires
- Administration d'environnements informatiques de gestion de workflows (Galaxy)
- Formation d'un public d'informaticien.nes pour l'intégration de nouveaux outils de traitement à un environnement Galaxy
Profil recherché
Formation recommandée :
Intérêt pour le développement de logiciels ;
Motivation pour les dernières technologies Web.
Connaissances souhaitées :
Python ou Java ;
Norme API ouverte ;
Git et Docker ;
Qualité du code ;
Méthodes agiles et Scrum.
Expérience appréciée :
Expérience du développement logiciel dans ou en collaboration avec un laboratoire de recherche ;
Connaissance des API REST et des pipelines CI/CD ;
Connaissance des micro-services serait un avantage.
Aptitudes recherchées :
Organisé.e et respect des délais ;
Autonome ;
Travail en équipe.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
- Spécialisation Santé
Éléments de candidature
Documents à transmettre
Personnes à contacter
Qui sommes-nous ?
INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Descriptif du service
Vous serez accueilli.e au sein de l’Unité de Nutrition Humaine et plus particulièrement au sein de la PlateForme d'Exploration du Métabolisme (PFEM), plateforme reconnue comme un leader national et international dans le domaine de la métabolomique appliquée à la nutrition et à la santé. Le principal intérêt de la PFEM en matière de recherche concerne le développement de méthodes analytiques basées sur la spectrométrie de masse et d'outils bioinformatiques pour une meilleure caractérisation des déviations métaboliques associées au développement de maladies métaboliques chroniques et l'étude des relations entre la nutrition et la santé, avec notamment i) le profilage métabolique à l'aide d'approches multiplateformes dans les biofluides et les tissus, ii) le développement de stratégies analytiques pour l'identification de biomarqueurs à l'aide de la spectrométrie de masse à ultra-haute résolution et d'outils bioinformatiques, iii) le développement de modèles et d'outils pour améliorer l'extraction de connaissances à partir de données à haut débit, iv) le développement d'outils, de bases de données et de systèmes d'information basés sur le big data et les technologies du web sémantiques pour stocker nos données et extraire les connaissances existantes.
À propos de l'offre
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Susceptible d'être vacant à partir du 01/01/2025
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Chercheuse / Chercheur