Découverte de signatures transcriptomiques pan-cancer (H/F)

Référence : UMR9198-DANGAU-007

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 91198 GIF SUR YVETTE (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) entre 3081 et 3519€ bruts mensuels selon expérience € brut/an
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
Un objectif majeur de l'oncogénomique est d'identifier des signatures moléculaires communes à un ensemble de tumeurs, indépendamment de l'organe d'origine. Ces signatures, qui peuvent être définies au niveau ADN, ARN ou protéique, permettent de concevoir de nouveaux modes de diagnostic et de nouvelles thérapies pan-cancer. Nos équipe de l'Institut Curie Paris et de l'I2BC Gif-sur-Yvette, recrutent un chercheur post-doctoral avec une expérience en bioinformatique du cancer pour mener à bien un tel projet. Le chercheur aura pour mission de découvrir les signatures ARN induites par les mutations des gènes de maturation des ARN. Ces signatures seront ensuite utilisées pour identifier de nouveaux gènes altérés provoquant le même phénotype. Le projet mettra en œuvre des protocoles d'analyse RNA-seq sans référence capable d'identifier des altérations non annotées.
Activités :
Développement, déploiement et utilisation de pipelines d'analyse RNA-seq utilisant des méthodes par k-mer.
Constitution et analyse de jeux de données RNA-seq, analyse fonctionnelle de signatures ARN
Rédaction de publications scientifiques.

Contexte de travail :
Le candidat réalisera ses missions en partie à l'Institut Curie Paris et l'I2BC dans le cadre d'un financement conjoint. Les deux laboratoires rassemblent une masse critique de chercheurs, ingénieurs et doctorants intéressés par les ARN non-codants ou mal codants, particulièrement dans le cancer, travaillant en collaboration avec des médecins oncologues et immunologistes. L'environnement bioinformatique est également très riche et animé sur les deux sites, qui sont dotés d'infrastructures de calcul de haut niveau.

Profil recherché

Competences :
Nous recherchons des candidats avec un profil bioinformatique et une expérience démontrée (niveau thèse) en transcriptomique/génomique des cancers. Les candidats seront spécialement motivés par les questions de biologie des cancer pouvant être abordées à l'aide des grandes bases de données transcriptomiques.
Les compétences techniques attendues comprennent:
- Connaissance des langages Python, Shell et R
- Bonnes pratiques en bioinformatique
- Maîtrise des outils de base d'analyse NGS (RNA-seq, WGS, WES).
Contraintes et risques :

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
  • Spécialisation Formations générales

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Références :
    1. Bessière C, Xue H, Guibert B, Boureux A, Rufflé F, Viot J, Chikhi R, Salson M, Marchet C, Commes T, ¬Gautheret D. (2024) Transipedia.org: k-mer-based exploration of large RNA sequencing datasets and application to cancer data. Genome Biol. 25:266. https://doi.org/10.1186/s13059-024-03413-5
    2. Pradat Y, [••], Gautheret D*, Nikolaev S.* (2023) Integrative pan-cancer genomic and transcriptomic analyses of refractory metastatic cancer. Cancer Discovery. 13:1116–1143. https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-22-0966
    3. Wang Y, Xue H, Aglave M, Lainé A, Gallopin M, Gautheret D. (2022) The contribution of uncharted RNA sequences to tumor identity in lung adenocarcinoma. NAR Cancer. 4:1. https://doi.org/10.1093/narcan/zcac001
    4. Foretek D, .. Morillon A. (2023) DIS3 ribonuclease prevents the cytoplasmic accumulation of lncRNAs carrying non-canonical ORFs. Preprint. https://hal.science/hal-04279440/

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Chercheuse / Chercheur

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