Data Scientist H/F

DATA SCIENTIST H/F
DIRECTION DE LA RECHERCHE ET DE L’INNOVATION
CDI - TEMPS PLEIN
DES QUE POSSIBLE

L’entrepôt de données de santé du CHU de Poitiers recrute un Data Scientist H/F souhaitant travailler sur un projet ambitieux visant à exploiter de grands volumes de données pour générer de nouvelles connaissances médicales.

Présentation générale du CHU et de son entrepôt de données

Composé d’environ 2 700 lits, le CHU de Poitiers s’étend sur 5 sites (Poitiers, Châtellerault, Loudun, Lusignan, Montmorillon) répartis sur l’ensemble du territoire de la Vienne. Établissement de soins de référence, il assure ses missions de soins et de recherche pour les 1,8 millions d’habitants du Poitou-Charentes. Le CHU de Poitiers est organisé en 15 pôles d’activités cliniques et médico-techniques.

Le CHU de Poitiers est lauréat de l’appel à projets « Accompagnement et soutien à la constitution d’Entrepôts de Données de Santé hospitaliers » soutenu par France 2030. Le plan « France 2030 », doté de 54 milliards d’euros déployés sur 5 ans, vise à développer la compétitivité industrielle et les technologies d’avenir à l’horizon 2030. Cet entrepôt de données permettra aux chercheurs un accès aux données dans un cadre technique et sécurisé.

De nombreuses informations médicales sont mentionnées en texte libre et sont présentes dans les comptes-rendus, courriers et notes médicales. L’intégration de ces informations nécessite le déploiement d’un pipeline de traitement automatique de la langue (TAL) complet : extraction du contenu textuel des documents dans différents formats (doc, docx, pdf), pseudonymisation, reconnaissances d’entités nommées, annotation sémantique, chargement dans l’entrepôt de données et indexation. De plus, les projets de recherche nécessitent souvent des développements spécifiques visant à extraire des informations précises ou à classifier automatiquement des documents médicaux.

Certains développements seront réalisés en collaboration avec les équipes des CHU de Bordeaux et de Limoges dans une vision d’infrastructure régionalisée en Nouvelle-Aquitaine.

Description du poste

Sous la responsabilité du coordinateur de l’entrepôt et d’un médecin spécialiste des entrepôts de données de santé, les principales missions seront de :

- Participer à l’implémentation d’un pipeline d’intégration des données textuelles.
- Réaliser un benchmarking des outils open source disponibles, adapter et tester des modèles existants et les évaluer.
- Analyser les besoins et réaliser des développements spécifiques pour les cas d’usage de l’EDS.
- Interroger les données de l’EDS pour répondre à des études de faisabilité.
- Activités complémentaires :

- Participer à la réalisation d’analyses statistiques sur des données structurées pour répondre à d... (la suite sur le site de l'employeur).