Chercheur post-doctoral (H/F) : utilisation de l’apprentissage profond et de la simulation pour extrair

Missions :
Le chercheur post-doctoral (H/F) sera recruté(e) à l’Institut de Génétique et de Développement de Rennes (IGDR), France (https://igdr.univ-rennes.fr), au sein de l’équipe CeDRE, dans le cadre d’un projet financé par l’ANR et dirigé par Dr. Hélène Bouvrais, CRCN CNRS. L’objectif biologique du projet ANR est d’étudier le rôle de la rigidité des microtubules dans la division cellulaire.
Il/elle travaillera sur le développement d’un outil basé sur l’intelligence artificielle permettant d’extraire les courbures des microtubules dans des images 3D de microscopie de fluorescence. En particulier, le/la candidate retenu(e) utilisera la génération d’images synthétiques par la simulation (par ex. Cytosim) et les outils d’apprentissage profond. Pour cela, il/elle bénéficiera d’accès à des serveurs de calculs locaux et à distance (par ex. Jean Zay). Les mesures de courbures des filaments permettront de révéler de possibles perturbations de la rigidité des microtubules lors d’une perturbation génétique ou entre lignées cellulaires ayant des dérégulations d’expression de protéines candidates pour réguler la rigidité des microtubules.


Activités :
- Faire la veille bibliographique et suivre les développements techniques relatifs au projet de recherche.
- Programmation/codage avec respect des principes FAIR
- Générer des images synthétiques permettant d’entrainer des architectures d’apprentissage profond.
- Construire de nouvelles architectures d’apprentissage profond, qui incorporent des mécanismes innovants venant de publications récentes, permettant d’atteindre l’objectif de la mission.
- Annoter des images synthétiques et réelles de microscopie de fluorescence.
- Utiliser des outils de transfert learning ou de fine-tuning.
- Identifier des jeux de données pertinents pour tester les architectures développées afin de voir leurs applicabilités sur d’autres domaines.
- Participer à la traçabilité et à la transmission/communication des données et des protocoles d’analyse aux membres du projet et aux collaborateurs internationaux.
- Collecter, consigner et analyser des données.
- Mettre en forme et présenter les résultats dans l’équipe, au sein de l’institut et en conférences.

Contexte de travail :
L'IGDR est un institut dynamique, avec 16 équipes comprenant environ 200 personnes (incluant chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, assistant-ingénieurs et techniciens, post-doctorants, doctorants, et des apprentis ou stagiaires). Les membres de l’institut viennent d’un contexte international (une quinzaine de nationalités différentes représentées). La recherche à l'IGDR couvre un large éventail de de disciplines, incluant la biologie moléculaire, la biologie cellulaire, la biologie du développement, la génétique, la génomique, la bio-informatique, la microbiologie, la biologie structurale, l'immunologie, la microscopie de pointe, l'épigénétique, la chimie, la biologie du cancer et la biophysi
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